Dalam upaya membiasakan hidup bersih dan sehat, SMK YPF bekerja sama dengan Puskesmas Rusunawa mengadakan program pemeriksaan kesehatan rutin terhadap seluruh warga sekolah. Kegiatan ini bertujuan untuk mengetahui status kesehatan siswa sebagai salah satu upaya deteksi dini jika siswa memiliki masalah kesehatan. 

Pemeriksaan kesehatan anak sekolah meliputi pemeriksaan Berat Badan (BB), Tinggi Badan (TB), Pemeriksaan Gigi, Mulut, Telinga, Kulit, Kuku, Kesehatan Reproduksi, Kesehatan Mental, Kesehatan Intelegensia. Pemeriksaan kesehatan menjadi sangat penting dilakukan karena dapat menumbuhkan kesadaran peserta didik sejak dini untuk hidup bersih dan sehat yang dapat dimulai dari lingkungan sekolah dan dapat diterapkan dimanapun mereka berada.